Nel 1669 il Duca Carlo Emanuele II fonda a Torino la Reale Accademia di Savoja che il 1° gennaio 1678 sarà inaugurata come il primo Istituto d'istruzione Militare al mondo.
La storia dell'Accademia ha origini antiche quanto nobili. Inizialmente frequentato solo da giovani dell'aristocrazia europea, dal 1756 l'Istituto avvia corsi specifici per soli ufficiali ed all'indomani della Restaurazione Vittorio Emanuele I lo trasforma in Regia Accademia aprendo le porte ai giovani cittadini di ogni estrazione sociale.

Il processo di riunificazione e la campagna del 1859, chiedono incrementi organici continui che rendono necessaria l'istituzione di corsi suppletivi per ufficiali di complemento e l'apertura di una Scuola Militare di Fanteria a Ivrea, seguita nel 1860 dalla Scuola Militare di Cavalleria a Pinerolo.
Nel frattempo viene aperta a Modena un'altra Scuola Militare di Fanteria con il compito di sussidiare l'attività degli altri Istituti.
La scelta di Modena non è casuale: è capitale del Ducato Estense dal 1598 nonché sede universitaria ed importante centro economico, politico e culturale.

Nel 1923, l'Istituto modenese viene elevato a rango di Accademia Militare di Fanteria e Cavalleria. A seguito dei noti eventi dell'8 settembre 1943 le Accademie di Torino e Modena sono sciolte. Solo nel corso del 1944 si ricostituisce in Lecce il Comando Speciale Regie Accademie, che dal '45 muta la denominazione in Regia Accademia Militare dando avvio al primo Corso Straordinario Combattenti; per la prima volta dall'Unità d'Italia, escono ufficiali in servizio permanente effettivo di tutte le Armi e di Corpi dell'Esercito.

Nel '46, con la nascita della Repubblica, l'Istituto assume il nome di Accademia Militare e nel 1947, con il rientro a Modena, l'Accademia riceve in consegna dal Demanio militare oltre al Palazzo Estense anche le attigue caserme Montecuccoli e Fabrizi, l'area della Cittadella, già sede del 36° Reggimento Fanteria disciolto dopo la guerra, nonché il Palazzo Ducale di Sassuolo e la Rocca dei Boiardo di Scandiano.

La splendida sede attuale , il Palazzo Ducale di Modena, è stato eretto a partire dal 1635 dall'architetto Bartolomeo Avanzini sulle fondamenta di un antico castello.

Al progetto iniziale dell'Avanzini sembra abbiano contribuito, nel corso dei lavori, anche i maestri dell'architettura barocca Francesco Borromini, Gian Lorenzo Bernini e Pietro da Cortona.

Nel 1950 il primo Presidente della Repubblica, Enrico De Nicola, consegna all'Istituto lo stemma araldico ben sintetizzato dal motto Una acies: "Una sola schiera".